Il nome deriva da quello di un martire cristiano, Agapito appunto, cui era dedicata la chiesa attorno alla quale si sviluppò il nucleo urbano originario; da Sanctum Agapitum si è trasformato in Santa Capiata nel 1516.

Sant’Agapito sorge sulle propaggini nord-occidentali del massiccio del Matese, posizione che conferisce al paese la definizione di “Porta del Matese”. Il territorio del comune comprende anche cinque frazioni: Colannoni, Coriemano, Pietradonata, Scalo Ferroviario e Temennotte.

Il territorio del comune si estende su una superficie che ricopre sia una parte montana (a sud), sia una parte pianeggiante (a nord). L’altitudine va da circa 350 m s.l.m. sino ai 1.100 m s.l.m. della cima più alta (Colle di Croce). Il comune è attraversato dal torrente Lorda, rifornito dai numerosi ruscelli montani che ne accrescono la portata.

Non c’è dubbio che Sant’Agapito facesse parte della contea di Isernia nel periodo longobardo, e della contea del Molise nel periodo normanno. Nel XII secolo Sant’Agapito divenne feudo di una famiglia omonima, la quale aveva presumibilmente assunto il nome del feudo per distinguersi dal ramo diretto della stirpe da cui discendeva e di cui non voleva apparire cadetto o minore. Non si conosce quale fosse la stirpe. Si sa, invece, che i Sant’Agapito tennero in signoria l’università dall’inizio del XII secolo sin oltre la metà del XV secolo. Dei molti titolari della potente famiglia, sopravvive la memoria di soli cinque per Sant’Agapito.