Il territorio di Filignano costituisce, per chi giunge da Napoli o da Roma, la naturale porta d’accesso al Parco nazionale d’Abruzzo, Lazio e Molise.

I suoi 12 borghi sono disseminati lungo tre valli principali che si susseguono dalla conca di Filignano (460 m s.l.m.) fino ai primi contrafforti del Monte Marrone (1805 m s.l.m.). La provinciale che attraversa il comune si snoda tra i terrazzamenti di un antico paesaggio rurale penetrando in un ambiente via via più selvaggio. Oltrepassato il pianoro di Selvone, infatti, la strada si incunea nella gola del Rio Chiaro, per poi aprirsi allo scenario delle Mainarde (2142 m s.l.m.), autentica perla naturale dell’Appennino. Una fitta rete di sentieri penetra attraverso i boschi, accompagnata da muriccioli in pietra ed edicole votive. Tracce di fortificazioni medievali si ergono quasi inghiottite dal bosco.

Filignano ha origini che si perdono nel medioevo. Di certo il “Chronicon Vulturnense”, un’antica cronaca dei monaci di San Vincenzo al Volturno (XII secolo), lo cita, trattando di un istrumento del luglio del 962, col nome di Fundiliano, nome tramutato poi, nel corso dei secoli, in quello di Fondemano.
Esso fece parte dei possedimenti della potentissima abbazia di San Vincenzo come, peraltro, dimostrano i resti di fortificazioni risalenti a quel periodo. Cerasuolo, una delle sue attuali frazioni, trova parimenti origine nel 962, anno in cui l’abate di San Vincenzo lo dava “a livello” per metterlo a coltura. Varie vicende feudali portarono Filignano prima alla famiglia Montaquila poi ai duchi di Miranda che lo conservarono fino all’eversione della feudalità. I feudatari di Filignano promossero la colonizzazione di questo territorio fin dal XVI secolo, e molti degli attuali borghi traggono il nome dai primi coloni.
Filignano appartenne alla Terra di Lavoro. Nel 1807, essendo frazione di Pozzilli, venne compreso nel Distretto di Piedimonte e nel Governo (poi Circondario, poi Mandamento) di Venafro. Nel 1840 fu dichiarato Comune autonomo e nel 1861 aggregato alla Provincia di Molise, nel Circondario d’Isernia, restando alla dipendenza mandamentale di Venafro, aggregata pur essa al Molise.

Il territorio di Filignano è caratterizzato dalla presenza di numerosissime edicole votive. Se ne contano diverse decine, disseminate dalla devozione popolare lungo le antiche vie vicinali che percorrono le campagne da un borgo all’altro. Spesso sono impreziosite da raffinate maioliche di scuola napoletana.
Tre sono le chiese principali presenti nel Comune di Filignano. La chiesa parrocchiale di Cerasuolo intitolata a san Pasquale Baylon (protettore delle donne), imponente nelle dimensioni, fu voluta dall’ultimo feudatario di Cerasuolo, il duca Pasquale Marotta, deceduto nel 1884. La costruzione dell’edificio fu iniziata alla fine del XIX secolo, ma ultimata solo trent’anni dopo. Parzialmente distrutta dal secondo conflitto mondiale, fu completamente restaurata grazie alla sollecitudine dell’allora abate di Montecassino, Gregorio Diamare. La chiesa madre di Filignano, intitolata all’Immacolata concezione, fu edificata per volontà della Duchessa di Miranda, con atto notarile del 1757. La Chiesa SS. Crocifisso in Selvone (dal lat. Magna Silva, grande selva) è visibile dalla st. p. Atinense. Si erge nel punto più alto del centro storico, e la sua costruzione risale allo stesso periodo nel quale fu edificata la chiesa di Filignano (XVIII sec.).