Il nome deriverebbe dal fiume Carpino che costeggia il centro, oppure dalla pianta Carpinus. Il centro fu fondato nell’VIII secolo dai Longobardi e incluso nel ducato di Bojano. Secondo un documento dell’Abbazia di San Vincenzo al Volturno, tuttavia, la fondazione sarebbe del 982, castello stante sotto il potere dell’abate Giovanni di San Vincenzo. Tra i primi signori al governo ci fu Tommaso d’Evoli, signore di Castelpizzuto, Monteroduni e Roccamandolfi. Dopo vicende di lotta di possesso tra le famiglie, Carpinone fu ceduto alla famiglia Caldora nel XV secolo, che fortificò il castello.

I successivi signori furono i membri della famiglia Pandone, Francesco e Pandolfo, e in seguito le famiglie Ceva Grimaldi e i De Risio. Nel 1807 il paese entrò nel distretto di Isernia, sotto la giurisdizione di Castelpetroso. Dal 1948 fece parte della provincia di Campobasso e dal 1970 di quella di Isernia.

Il centro è provvisto di una doppia fortificazione muraria di diverse epoche, aventi un perimetro a forma di U, che si adatta alla conformazione della roccia sopra cui sorge il borgo stesso; la parte nord della roccia risulta inaccessibile, da cui questa disposizione a doppio braccio delle case. La prima cinta è posta a difesa del castello Caldora, e di un gruppo di case della cosiddetta “cittadella”. La seconda ingloba una zona che si trova a confine con l’abitato moderno dell’Ottocento. Tra queste due cinte murarie si sviluppa il borgo carpinonese, le stradine sono in pietra, le case rivestite di lisce, i vicoli conservano l’antico aspetto medievale.

La principale squadra di calcio della città è l’A.S.D. Carpinone 1981 Calcio che milita nel girone A molisano di 1ª Categoria. È nata nel 1981.